第二集中，尼奧（基努·里維斯 Keanu Reeves 飾）沒有能從內(nèi)部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷于昏迷，思想?yún)s被困在介于“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾）和崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾）等人知道了尼奧的情況，在守護(hù)天使的帶領(lǐng)下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經(jīng)過一番激斗，將尼奧救了出來。
此時，電子烏賊部隊對錫安發(fā)起了猛烈的攻擊，人類組織所有機(jī)甲戰(zhàn)士展開頑強(qiáng)的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難，到達(dá)機(jī)器城市，尼奧終于見到了機(jī)器世界的統(tǒng)治者“機(jī)器大帝”，雙方談判并達(dá)成了協(xié)議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。
在“母體”中，尼奧和史密斯展開了關(guān)系人類生死存亡的最后決斗...