2044年的紐約，大反派朗格勾結(jié)外星惡勢(shì)力試圖毀滅地球，大量外星人通過(guò)神秘傳送門(mén)入侵，將城市化為灰燼。忍者神龜們雖負(fù)隅頑抗仍不敵敵人攻勢(shì)，死傷慘重。懷抱著忍者最強(qiáng)武器——希望，忍者神龜們決定回到過(guò)去時(shí)空，找到開(kāi)啟傳送門(mén)的鑰匙，阻止朗格，恢復(fù)世界和平。萊昂納多的弟子凱西肩負(fù)起這一使命，他在過(guò)去時(shí)空與女記者艾普奧尼爾成功接頭，并和忍者神龜萊昂納多、米開(kāi)朗基羅、拉斐爾、多納泰羅匯合，開(kāi)啟了拯救世界的行動(dòng)。“我們的未來(lái)，我們自己做主”，忍者神龜們向朗格發(fā)起了終極挑戰(zhàn)。