“東京決戰(zhàn)”一年后，布里塔尼亞少年魯路修在11區(qū)（原日本國）過著平凡的學(xué)生生活。但是，魯路修與弟弟羅洛的一次出行，遇到了黑色騎士團(tuán)的余黨。在與少女C.C再次結(jié)成契約之后，塵封的記憶擺在了魯路修的面前。
身為帝國王子的魯路修，為了建立人人平等的世界、讓妹妹娜娜麗幸福的世界，而使用GEASS，令人絕對服從的力量，帶領(lǐng)黑色騎士團(tuán)向帝國宣戰(zhàn)。帶上假面化名ZERO的他，卻在一年前的“東京決戰(zhàn)”中被好友朱雀擊敗，被帝國皇帝抹去了記憶。
現(xiàn)在，恢復(fù)記憶的魯路修不僅要面對帝國的強(qiáng)大軍事力量，更要面對虛假的弟弟羅洛、失蹤的妹妹娜娜麗、不知敵友的中華聯(lián)盟、內(nèi)部出現(xiàn)分歧的黑色騎士團(tuán)。面對內(nèi)憂外患，魯路修走上了GEASS之力的詛咒——孤獨(dú)的王之路。