小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇見了危險的風(fēng)暴，流落到了橘子群島中的亞西亞島上，這里即將舉行熱鬧的大型慶典，而小智在意外之中遇見了慶典的圣女弗盧拉（平松晶子 配音）。弗盧拉選中了小智作為慶典的“指揮者”，他的任務(wù)是前往三圣島，找到隱藏在島上的玻璃球。只有集齊三顆玻璃球，才能夠正式開啟慶典。
就這樣，小智和伙伴們踏上了尋找玻璃球的旅途，哪知道不僅遇到了前來搗亂的火箭隊，還遭到了閃電鳥的襲擊。就在千鈞一發(fā)之際，吉爾露現(xiàn)身捕捉了閃電鳥，之后又企圖捕捉急凍鳥，吉爾露的最終目的，是召喚出傳說中的神獸洛奇亞。讓吉爾露沒有想到的是，火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥之前竟然開始了激烈的戰(zhàn)斗。