《怪物彈珠第2季》接續(xù)第一季的劇情，與握有鑰匙的水澤葵，影月明，若葉皆實一起，如今的蓮正邁出通往謎團的一步。主人公·焰蓮回到曾經住過的街道·神之原，感受到了違和感。他確實應該在這條街道住過，卻對那時的事情沒有記憶。此時，蓮的智能手機突然被安裝了從沒見過的游戲，其名為《怪物彈珠》。他帶著從手機中飛向現實世界的怪物，在街道中展開了戰(zhàn)斗！經過戰(zhàn)斗，蓮注意到了在自己體內沉睡的謎之記憶的正體，以及，怪物彈珠究竟是何物。與握有鑰匙的水澤葵、影月明、若葉皆實一起，如今的蓮正邁出通往謎團的一步，對于前方沉睡著無法想象的真相一事，仍然一無所知。